Changeset 37

Show
Ignore:
Timestamp:
02/01/08 11:49:22 (1 year ago)
Author:
apdavison
Message:

Synchronized trunk with http://www.neuron.yale.edu/svn/neuron/nrn/trunk revision 1964

Files:

Legend:

Unmodified
Added
Removed
Modified
Copied
Moved

  • trunk/Makefile.am

    r3 r37  
    3636#uses the classical positions of files 
    3737mswin: 
    38         top_srcdir=$(top_srcdir) marshall_dir=$(marshall_dir) $(top_srcdir)/src/mswin/batch/instal.sh 
     38        top_srcdir=$(top_srcdir) marshall_dir=$(marshall_dir) \ 
     39        top_builddir=$(top_builddir) \ 
     40        ivbindir=$(IV_LIBDIR)/../bin $(top_srcdir)/src/mswin/batch/instal.sh 
    3941 
    4042endif 
    …… 
    5153        (cd @IV_LIBDIR@ ; strip -d *.so*) 
    5254        -rm $(pkgdatadir)/demo/neuron 
    53         (cd $(pkgdatadir)/demo/release ; $(bindir)/nrnivmodl ; cd $(host_cpu) ; rm *.c *.o *.lo *.mod *.la ; cd ../.. ; ln -s release/i686/special neuron ) 
     55        (cd $(pkgdatadir)/demo/release ; $(bindir)/nrnivmodl ; cd $(host_cpu) ; rm -f *.c *.o *.lo *.mod *.la ; cd ../.. ; ln -s release/$(host_cpu)/special neuron ) 
    5456        -mkdir -p `dirname $(RPM_TARGET)` 
    5557#       $(RPM_PROG) $(RPM_ARGS) $(RPM_TARBALL) 
    …… 
    7173 
    7274alphadist: 
     75if UniversalMacBinary 
     76        scp $(HOME)/NEURON-"`sh $(srcdir)/nrnversion.sh`".dmg $(ALPHADIR)/nrn-"`sh $(srcdir)/nrnversion.sh 2`"-MacOSX"`sw_vers -productVersion`".dmg 
     77else 
    7378        scp $(HOME)/NEURON-"`sh $(srcdir)/nrnversion.sh`".dmg $(ALPHADIR)/nrn-"`sh $(srcdir)/nrnversion.sh 2`"-$(host_triplet).dmg 
     79endif 
     80 
    7481else 
    7582if BUILD_CYGWIN 

  • trunk/README

    r4 r37  
    1 A test site for collaborative development of nrnpython 
    21This is very out of date. 
    32 

  • trunk/bin/mos2nrn2.sh.in

    r1 r37  
    103103fi 
    104104 
    105 moddirs="`sed -n '1s;^//moddir;;p' < $first`" 
     105moddirs="`sed -n '1s;^//moddir;;p' < $first | tr -d '\r'`" 
    106106if test "$moddirs" != "" ; then 
    107107        modfiles='yes' 

  • trunk/bin/nrnivmodl.in

    r1 r37  
    9999#include "hocdec.h" 
    100100extern int nrnmpi_myid; 
     101extern int nrn_nobanner_; 
    101102modl_reg(){ 
    102   if (nrn_istty_) if (nrnmpi_myid < 1) { 
     103  if (!nrn_nobanner_) if (nrnmpi_myid < 1) { 
    103104    fprintf(stderr, "Additional mechanisms from files'$newline'"); 
    104105' > mod_func.c 

  • trunk/bin/nrnmech_makefile.in

    r1 r37  
    1919X_EXTRA_LIBS = @X_EXTRA_LIBS@ 
    2020X_PRE_LIBS = @X_PRE_LIBS@ 
    21 IV_LIBS = @IV_LIBS_LIBTOOL@ $(X_PRE_LIBS) $(X_LIBS) $(X_EXTRA_LIBS) 
     21#IV_LIBS = @IV_LIBS_LIBTOOL@ $(X_PRE_LIBS) $(X_LIBS) $(X_EXTRA_LIBS) 
     22IV_LIBS = 
    2223IVOS_LIB = @IVOS_LIB@ 
    2324PVM_LIBS = @PVM_LIBS@ @PVM_XTRA_LIBS@ 
    …… 
    4142 
    4243NRNOCLIBS = -L"$(libdir)" -lnrnoc -loc @MEMACSLIB@ \ 
    43         -lscopmath -lsparse13 @READLINE_LIBS@ 
     44        -lnrnmpi -lscopmath -lsparse13 @READLINE_LIBS@ 
    4445NRNIVLIBS = -L"$(libdir)" "$(libdir)/libnrniv.la" -livoc \ 
    4546        -lneuron_gnu -lmeschach -lsundials \ 
    …… 
    8485 
    8586libnrnmech_la_OBJECTS = $(MODOBJFILES) mod_func.lo $(COBJFILES) 
    86 libnrnmech_la_LIBADD = $(NRNOCLIBS) 
     87libnrnmech_la_LIBADD = $(NRNOCLIBS) $(NRNIVLIBS) 
    8788 
    8889libnrnmech.la: $(libnrnmech_la_OBJECTS) $(libnrnmech_la_DEPENDENCIES) 

  • trunk/configure.in

    r3 r37  
    55define([AC_CACHE_SAVE], )dnl 
    66 
    7 AC_INIT([nrn],[6.0]) 
     7dnl when you change following also update svn2nrn_h.sh 
     8AC_INIT([nrn],[6.2]) 
     9PACKAGE_VERSION_MAJOR=`echo "$PACKAGE_VERSION" | sed 's/\..*//'` 
     10PACKAGE_VERSION_MINOR=`echo "$PACKAGE_VERSION" | sed 's/^.*\.//'` 
    811AC_CONFIG_SRCDIR(src/memacs/main.c) 
    912AM_INIT_AUTOMAKE 
    …… 
    3336]) 
    3437 
     38dnl following does not seem to work in the sense of 
     39dnl causing problems with exec_prefix 
    3540AC_PREFIX_DEFAULT(/usr/local/nrn) 
     41dnl so do it explicitly 
     42if test "$prefix" = NONE ; then 
     43        prefix=/usr/local/nrn 
     44fi 
    3645 
    3746if test "$prefix" = "NONE" ; then 
    …… 
    5564dnl     datadir='${prefix}' 
    5665dnl fi 
     66 
     67AC_ARG_ENABLE([UniversalMacBinary], 
     68        AC_HELP_STRING([--enable-UniversalMacBinary], [combined binary for ppc and i386, fake arch is called umac]),[ 
     69        enable_dependency_tracking=no 
     70        CFLAGS="$CFLAGS -arch ppc -arch i386" 
     71        CXXFLAGS="$CXXFLAGS -arch ppc -arch i386" 
     72        host_cpu=umac 
     73]) 
     74AM_CONDITIONAL(UniversalMacBinary, test x$enable_UniversalMacBinary = xyes) 
    5775 
    5876AC_ARG_ENABLE([DiscreteEventObserver], 
    …… 
    185203RPM_RELEASE="`sh $srcdir/nrnversion.sh commit`" 
    186204AC_SUBST(RPM_RELEASE) 
     205AC_SUBST(PACKAGE_VERSION_MAJOR) 
     206AC_SUBST(PACKAGE_VERSION_MINOR) 
    187207if test "$rpm_extra_args" = "" ; then 
    188208        rpm_extra_args="-ba nrnrpm.spec" 
    …… 
    200220        fi 
    201221elif test x$CYGWIN = xyes ; then 
    202         AM_ENABLE_SHARED(no) 
    203         AM_ENABLE_STATIC(yes) 
     222        AM_ENABLE_SHARED(yes) 
     223        AM_ENABLE_STATIC(no) 
    204224else 
    205225        AM_ENABLE_SHARED(yes) 
    …… 
    225245dnl way of doing it. 
    226246AM_PROG_LIBTOOL 
     247 
     248dnl Checks for libraries 
     249AC_CHECK_LIBM 
     250LIBS="$LIBS $LIBM" 
     251 
     252dnl Python for cygwin and mingw has to be done early because later tests may 
     253dnl have to be done with a CFLAGS="-mno-cygwin" 
     254dnl What to do about Python 
     255AC_NRN_PYTHON 
     256 
     257MINGW_CFLAG="" 
     258EXTRA_CYGWIN_FLAGS='$(EXTRA_CYGWIN)' 
     259if test "$CYGWIN" = "yes" ; then 
     260        if test "$ac_nrn_cygwin" = no ; then 
     261                AC_MSG_NOTICE([Build using MinGW.]) 
     262                MINGW_CFLAG="-mno-cygwin" 
     263                EXTRA_CYGWIN_FLAGS='' 
     264                dnl following will be put back at end 
     265                CFLAGS="-mno-cygwin $CFLAGS" 
     266                CXXFLAGS="-mno-cygwin $CXXFLAGS" 
     267        fi 
     268fi 
     269AC_SUBST(MINGW_CFLAG) 
     270AC_SUBST(EXTRA_CYGWIN_FLAGS) 
    227271 
    228272AC_NRN_PARANEURON 
    …… 
    293337fi 
    294338 
    295 dnl Checks for libraries 
    296 AC_CHECK_LIBM 
    297 LIBS="$LIBS $LIBM" 
    298  
    299339dnl what to do with the readline library and memacs 
    300340AC_NRN_READLINE 
    …… 
    327367AC_SUBST(enable_carbon) 
    328368 
    329 dnl What to do about Python 
    330 AC_NRN_PYTHON 
    331  
    332369dnl Real time dynamic clamp 
    333370AC_NRN_REALTIME 
    …… 
    344381AC_CHECK_HEADERS(fcntl.h limits.h malloc.h sgtty.h strings.h sys/file.h) 
    345382AC_CHECK_HEADERS(sys/ioctl.h sys/time.h termio.h unistd.h stdarg.h varargs.h) 
    346 AC_CHECK_HEADERS(stropts.h sys/conf.h locale.h) 
     383AC_CHECK_HEADERS(stropts.h sys/conf.h locale.h fenv.h) 
    347384 
    348385AC_CHECK_HEADERS(float.h math.h) 
    …… 
    375412AC_FUNC_VPRINTF 
    376413AC_CHECK_FUNCS(ftime getcwd getpw gethostname gettimeofday mkdir putenv setenv select strdup strstr index bzero bcopy stty lockf isatty mkstemp) 
    377  
     414AC_CHECK_FUNCS(setitimer sigaction fesetround) 
     415NRN_CHECK_SIGNAL(SIGBUS) 
     416NRN_CHECK_SIGNAL(SIGSEGV) 
    378417dnl Do this after the above checks, so they're run with the C compiler rather 
    379418dnl than the C++ compiler.  This is only a problem with complex.h, which 
    …… 
    393432        nrndef_unix="" 
    394433fi 
     434 
     435dnl put back the flags if mingw 
     436if test "$CYGWIN" = "yes" ; then 
     437        if test "$ac_nrn_cygwin" = no ; then 
     438                CFLAGS="$mlh_CFLAGS" 
     439                CXXFLAGS="$mlh_CXXFLAGS" 
     440        fi 
     441fi 
     442 
     443AC_DEFINE_UNQUOTED(NRNHOSTCPU,"$host_cpu",[cpu type consistent with nrnivmodl]) 
     444NRN_LIBDIR=$prefix/$host_cpu/lib 
     445AC_SUBST(NRN_LIBDIR) 
    395446 
    396447AC_SUBST(nrndef_unix) 
    …… 
    437488AC_DEFINE_UNQUOTED(NRNOC_X11,$NRNOC_X11, if nrnoc can use X11) 
    438489 
    439 if test "$exec_prefix" = "NONE" ; then 
    440         exec_prefix='${prefix}/@host_cpu@' 
    441 fi 
     490case "$exec_prefix" in 
     491        NONE*)  exec_prefix="${prefix}/${host_cpu}" 
     492        ;; 
     493esac 
    442494 
    443495dnl This list specifies what files configure actually makes. 
    …… 
    475527        src/nrnjava/Makefile src/nrnjava/nrnccmb/Makefile 
    476528        src/nrnjava/neuron/Makefile 
    477         src/nrnpython/Makefile src/ni_pci_6229/Makefile 
     529        src/nrnpython/Makefile src/nrnpython/setup.py src/ni_pci_6229/Makefile 
    478530        src/mac/Makefile src/mswin/Makefile src/mswin/batch/Makefile 
     531        src/mswin/nrnsetup.nsi src/mswin/nrncygso.sh src/mswin/lib/mknrndll.mak 
    479532        src/mswin/extra/Makefile src/mswin/rdln/Makefile 
    480533        src/mswin/windll/Makefile src/mswin/winio/Makefile 
    …… 
    482535        src/mswin/bin/Makefile 
    483536        share/Makefile bin/nrnoc_makefile bin/nrniv_makefile bin/nrnmech_makefile 
    484         share/lib/Makefile share/lib/hoc/Makefile  
     537        share/lib/Makefile share/lib/hoc/Makefile share/lib/python/Makefile 
    485538        share/lib/hoc/celbild/Makefile share/lib/hoc/mulfit/Makefile 
    486539        share/lib/hoc/netbild/Makefile share/lib/hoc/lincir/Makefile 

  • trunk/m4/acinclude.m4

    r1 r37  
    1010[ 
    1111AC_DEFINE_UNQUOTED($1,$2,[(Remove from nrnconf.h.in)]) 
     12]) 
     13 
     14dnl Check for signal macros 
     15AC_DEFUN([NRN_CHECK_SIGNAL], 
     16[ 
     17  AC_MSG_CHECKING([if $1 defined in signal.h]) 
     18  AC_TRY_COMPILE([#include <signal.h> 
     19  ],[ 
     20        signal($1, SIG_DFL); 
     21  ],[ 
     22        AC_DEFINE(HAVE_$1,1,[(Define if this signal exists)]) 
     23        AC_MSG_RESULT(yes) 
     24  ],[ 
     25        AC_MSG_RESULT(no) 
     26  ] 
     27  ) 
    1228]) 
    1329 
    …… 
    5066]) 
    5167 
    52  
    5368dnl Stolen from the autoconf archive 
    5469dnl @synopsis AC_CXX_NAMESPACES 
    …… 
    5772dnl HAVE_NAMESPACES. 
    5873dnl 
    59 dnl @version $Id: acinclude.m4 1043 2005-08-29 12:07:27Z hines $ 
     74dnl @version $Id: acinclude.m4 1883 2007-11-10 19:32:20Z hines $ 
    6075dnl @author Luc Maisonobe 
    6176dnl 
    …… 
    7994dnl If the compiler supports the Standard Template Library, define HAVE_STL. 
    8095dnl 
    81 dnl @version $Id: acinclude.m4 1043 2005-08-29 12:07:27Z hines $ 
     96dnl @version $Id: acinclude.m4 1883 2007-11-10 19:32:20Z hines $ 
    8297dnl @author Luc Maisonobe 
    8398dnl 

  • trunk/m4/nrnpython.m4

    r1 r37  
     1dnl distutils.sysconfig.get_python_version() 
     2dnl distutils.sysconfig.get_python_inc() 
     3 
    14AC_DEFUN([AC_NRN_PYCONF],[ 
    25        dnl determine configuration if able to  run python 
    36        ac_nrn_pyconf_val="" 
    4         ac_nrn_pyconf_val=`python -c "import distutils.sysconfig 
    5 print distutils.sysconfig.get_config_var('[$2]')"` 
     7        ac_nrn_pyconf_val=`$4 -c "import distutils.sysconfig 
     8print distutils.sysconfig.$2" | tr -d '\r'` 
    69        if test $? != 0 ; then 
    710                AC_MSG_ERROR([could not run python in order to determine a 
    811configuration variable.]) 
    912        fi 
    10         if test "$ac_nrn_pyconf_val" = "" ; then 
     13        if test "$ac_nrn_pyconf_val" = "" -o "$ac_nrn_pyconf_val" = "None" ; then 
    1114                [$1]=[$3] 
     15echo "[$2]  '$ac_nrn_pyconf_val' returning '$[$1]'" 
    1216        else 
    1317                [$1]=${ac_nrn_pyconf_val} 
    14         fi 
    15 echo "[$2]  $ac_nrn_pyconf_val" 
     18echo "[$2]  '$ac_nrn_pyconf_val'" 
     19        fi 
    1620]) 
    1721 
    …… 
    2428        zzzLIBS="$LIBS" 
    2529        CFLAGS="$CFLAGS -I${PYINCDIR}" 
    26         LIBS="${PYLIBLINK}" 
     30        LIBS="${PYLIBLINK} $LIBS" 
    2731        AC_TRY_RUN([ 
    2832#include <Python.h> 
    …… 
    3943        PYLIB=$PYLIB 
    4044or 
     45        PYLIBDIR=$PYLIBDIR 
     46or       
     47        PYLIBLINK=$PYLIBLINK 
     48or 
    4149        PYINCDIR=$PYINCDIR 
    4250) 
    …… 
    5664        NRNPYTHON_DEP="" 
    5765        NRNPYTHON_INCLUDES="" 
     66        NRNPYTHON_PYLIBLINK="" 
    5867        build_nrnpython=no 
    5968 
    6069        AC_ARG_WITH([nrnpython], 
    61                 AC_HELP_STRING([--with-nrnpython], 
     70                AC_HELP_STRING([--with-nrnpython=[desired python binary]], 
    6271                        [Python interpreter can be used (default is NO) 
    6372Probably need to set PYLIBDIR to find libpython... 
    …… 
    6675                [ac_nrn_python=$withval], [ac_nrn_python=no] 
    6776        ) 
     77        nrn_temp_cflags="$CFLAGS" 
     78        AC_ARG_ENABLE([numpy], 
     79                AC_HELP_STRING([--enable-numpy], 
     80                        [allow use of numpy (disabled by default) if python 
     81enabled. 
     82]), 
     83                [ac_nrn_numpy=$enableval], [ac_nrn_numpy=no] 
     84        ) 
     85        AC_ARG_ENABLE([cygwin], 
     86                AC_HELP_STRING([--disable-cygwin], 
     87                        [build as MINGW program. Only for mswin.]), 
     88                [ac_nrn_cygwin=$enableval], [ac_nrn_cygwin=yes] 
     89        ) 
     90 
     91        if test "$ac_nrn_python" = "yes" ; then 
     92                ac_nrn_python="python" 
     93        fi 
    6894 
    6995        if test "$ac_nrn_python" != "no" ; then 
     96                 
     97                ac_nrn_python=`which ${ac_nrn_python}` 
     98 
     99                if test "$ac_nrn_python" = "" ; then 
     100 
     101                        AC_MSG_ERROR([Either python is not in the path or the specified python does not exist.]) 
     102 
     103                fi 
     104 
     105                echo "Python binary found ($ac_nrn_python)" 
     106 
     107                if test "$CYGWIN" = "yes" ; then 
     108                        dnl if python does not use cygwin then neither should we 
     109                        if test "$ac_nrn_cygwin" = "yes" ; then 
     110cygcheck "$ac_nrn_python" | grep cygwin1.dll > /dev/null 
     111                                if test $? != 0 ; then 
     112                                        ac_nrn_cygwin=no 
     113                                        with_memacs=no 
     114                                        with_readline=no 
     115                                        with_iv=no 
     116AC_MSG_NOTICE([Because this python is not a CYGWIN program, build as a MinGW program as though 
     117 --disable-cygwin --with-readline=no --without-iv --without-memacs was invoked. 
     118That is, build a version suitable mostly as a Python extension.]) 
     119                                fi 
     120                        fi  
     121                fi 
    70122                AC_MSG_CHECKING([nrnpython configuration]) 
    71123                NRN_DEFINE(USE_PYTHON,1,[define if Python available]) 
    72124                if test "$PYVER" = "" ; then 
    73                         AC_NRN_PYCONF(xxx,VERSION,2.4) 
     125                        AC_NRN_PYCONF(xxx,get_python_version(),2.4,$ac_nrn_python) 
    74126                        PYVER=python${xxx} 
    75127                fi 
    76128                if test "$PYINCDIR" = "" ; then 
    77                         AC_NRN_PYCONF(xxx,INCLUDEDIR,"") 
     129                        AC_NRN_PYCONF(xxx,get_python_inc(1),"",$ac_nrn_python) 
    78130                        if test "$xxx" = "" ; then 
    79                                 PYINCDIR="$HOME/python/include/${PYVER}" 
     131AC_MSG_ERROR([cannot determine python include directory. Need to 
     132explicitly specify PYINCDIR]) 
    80133                        else 
    81                                 PYINCDIR="${xxx}/${PYVER}" 
     134                                if test "$CYGWIN" = "yes" ; then xxx="`cygpath -u $xxx`" ; fi 
     135                                PYINCDIR="${xxx}" 
    82136                        fi 
    83137                fi 
    84138                if test "$EXTRAPYLIBS" = "" ; then 
    85                         AC_NRN_PYCONF(EXTRAPYLIBS,LIBS,"") 
    86                 fi 
     139                        AC_NRN_PYCONF(EXTRAPYLIBS,get_config_var('LIBS'),"",$ac_nrn_python) 
     140                fi 
     141                setup_extra_link_args=extra_link_args 
     142                case "$host_os" in 
     143                        darwin*) 
     144                                setup_extra_link_args='#extra_link_args' 
     145                                ;; 
     146                esac 
    87147                if test "$PYLIB" = "" ; then 
    88148                        case "$host_os" in 
    89149                        darwin*) 
    90                                 AC_NRN_PYCONF(xxx,LINKFORSHARED,"") 
    91                                 PYLIB="$xxx" 
    92                                 PYLIBLINK="$PYLIB" 
     150                                AC_NRN_PYCONF(xxx,get_config_var('LINKFORSHARED'),"",$ac_nrn_python) 
     151                                PYLIBLINK="$xxx" 
     152                                PYLIB="$PYLIBLINK" 
    93153                                ;; 
    94154                        *) 
    95                                 AC_NRN_PYCONF(xxx,LINKFORSHARED,"") 
     155                                AC_NRN_PYCONF(xxx,get_config_var('LINKFORSHARED'),"",$ac_nrn_python) 
    96156                                PYLINKFORSHARED="$xxx"                           
    97                                 AC_NRN_PYCONF(xxx,LIBDEST,"") 
    98                                 if test "$xxx" = "" ; then 
    99                                         PYLIBDIR="$HOME/python/lib" 
     157                                if test "$host_os" = "cygwin" ; then 
     158                                        AC_NRN_PYCONF(xxx,get_config_var('LIBPL'),"",$ac_nrn_python) 
    100159                                else 
    101                                         PYLIBDIR="${xxx}/config" 
     160                                        AC_NRN_PYCONF(xxx,get_config_var('LIBDIR'),"",$ac_nrn_python) 
    102161                                fi 
    103 PYLIB="-L${PYLIBDIR} -l${PYVER} ${EXTRAPYLIBS} ${PYLINKFORSHARED} -R${PYLIBDIR}" 
    104 PYLIBLINK="-L${PYLIBDIR} -l${PYVER} ${EXTRAPYLIBS} ${LIBS}" 
     162                                if test "$xxx" == "" ; then 
     163                                        xxx=1 
     164                                        if test "$host_os" = "cygwin" -a "$ac_nrn_cygwin" = "no" ; then 
     165PYLIBDIR="`dirname $ac_nrn_python`/libs" 
     166if test -d "$PYLIBDIR" ; then 
     167        PYLIB="`ls $PYLIBDIR/libpython*.a 2> /dev/null`" 
     168        if  test "$PYLIB" != "" ; then 
     169                PYLIB=`basename "$PYLIB" | sed 's/lib\(.*\)\.a/\1/'` 
     170                PYLIBLINK="-L${PYLIBDIR} -l${PYLIB}" 
     171                PYLIB="${PYLIBLINK}" 
     172                xxx=0 
     173        fi 
     174fi 
     175                                        fi 
     176                                        if test "$xxx" = 1 ; then 
     177AC_MSG_ERROR([Could not determine PYLIBDIR, explicitly set PYLIBDIR, PYLIB, 
     178and PYLIBLINK.]) 
     179                                        fi 
     180                                else 
     181PYLIBDIR="${xxx}" 
     182PYLIBLINK="-L${PYLIBDIR} -l${PYVER} ${EXTRAPYLIBS}" 
     183PYLIB="${PYLIBLINK} ${PYLINKFORSHARED} -R${PYLIBDIR}" 
     184                                fi 
    105185                        ;; 
    106186                        esac 
    …… 
    110190                NRNPYTHON_DEP="../nrnpython/libnrnpython.la" 
    111191                NRNPYTHON_INCLUDES="-I${PYINCDIR}" 
     192                NRNPYTHON_PYLIBLINK="$PYLIBLINK" 
     193 
     194                if test "$ac_nrn_numpy" = "yes" ; then 
     195                        AC_MSG_CHECKING([numpy availability]) 
     196                        CMD="import numpy;print numpy.__path__@<:@0@:>@ + '''/core/include''' " 
     197                        PYTHON_NUMPY_INCLUDE=`${ac_nrn_python} -c "${CMD}"` 
     198                        if test "$PYTHON_NUMPY_INCLUDE" != ""; then 
     199                                HAVE_NUMPY="yes" 
     200                                NRNPYTHON_INCLUDES="${NRNPYTHON_INCLUDES} -I${PYTHON_NUMPY_INCLUDE}" 
     201                                NRNPYTHON_DEFINES="-DWITH_NUMPY" 
     202                        else 
     203                                AC_MSG_ERROR([Python cannot import numpy (numpy not installed?).]) 
     204                        fi 
     205                else 
     206                        echo "numpy not enabled. If desired add --enable-numpy to configure." 
     207                        HAVE_NUMPY="no" 
     208                        NRNPYTHON_DEFINES="-UWITH_NUMPY" 
     209                fi 
     210 
     211 
     212                NRNPYTHON_EXEC="${ac_nrn_python}" 
    112213                build_nrnpython=yes 
    113                 AC_NRN_RUNPYTHON 
    114         fi 
     214                if test "$CYGWIN" = "yes" ; then 
     215                        if test "$ac_nrn_cygwin" = "no" ; then 
     216                                CFLAGS="-mno-cygwin $CFLAGS" 
     217                        fi 
     218                fi 
     219                if test "$enable_bluegene" != yes ; then 
     220                        AC_NRN_RUNPYTHON 
     221                fi 
     222        fi 
     223        if test "$CYGWIN" = "yes" ; then 
     224                if test "$ac_nrn_cygwin" = "no" ; then 
     225                        CFLAGS="$nrn_temp_cflags" 
     226                fi 
     227        fi 
     228 
    115229        AC_SUBST(NRNPYTHON_LIBLA) 
    116230        AC_SUBST(NRNPYTHON_LIBS) 
    117231        AC_SUBST(NRNPYTHON_DEP) 
    118232        AC_SUBST(NRNPYTHON_INCLUDES) 
    119  
     233        AC_SUBST(NRNPYTHON_DEFINES) 
     234        AC_SUBST(NRNPYTHON_EXEC) 
     235        AC_SUBST(NRNPYTHON_PYLIBLINK) 
     236        AC_SUBST(setup_extra_link_args) 
    120237]) dnl end of AC_NRN_PYTHON 

  • trunk/m4/withmpi.m4

    r1 r37  
    5858]) 
    5959 
     60AC_ARG_WITH(multisend, 
     61AC_HELP_STRING([--with-multisend],[Allow optional MPI_ISend/Recv for spike transfer]) 
     62,[ 
     63        if test "$with_multisend" = "yes" ; then 
     64                with_mpi=yes 
     65                use_bgpdma=yes 
     66                NRN_DEFINE(BGPDMA,1,[Define if you want the framework supporting BlueGene/P style direct dma spike transfer]) 
     67        else 
     68                use_bgpdma=no 
     69        fi 
     70],[ 
     71        use_bgpdma=no 
     72]) 
     73 
    6074])dnl end of AC_NRN_PARANEURON 
    6175 

  • trunk/mkalpha.sh