Changeset 19

Show
Ignore:
Timestamp:
02/01/08 13:44:22 (1 year ago)
Author:
debeissat
Message:

adding units.rng in order to be able to add units to values of cellclass parameters in FacetsML

Files:

Legend:

Unmodified
Added
Removed
Modified
Copied
Moved

  • trunk/schemas/cellclass.rng

    r16 r19  
    11<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?> 
     2<?xml-stylesheet type="text/xsl" href="../../transformations/RNGtoHTMLform_standalone.xsl"?> 
    23<rng:grammar ns="http://neuralensemble.org/FacetsML/cellclass" 
    34    xmlns:rng="http://relaxng.org/ns/structure/1.0" 
    45    xmlns:a="http://relaxng.org/ns/compatibility/annotations/1.0" 
    56    datatypeLibrary="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-datatypes"> 
     7     
     8    <rng:include ns="http://neuralensemble.org/FacetsML/units" href="units.rng"/> 
    69     
    710    <rng:start combine="choice"> 
    …… 
    1013 
    1114    <rng:define name="cellclass"> 
     15        <a:documentation> 
     16            <style> 
     17                table { 
     18                    border: 1px outset; 
     19                } 
     20                td { 
     21                    border: 1px inset; 
     22                } 
     23            </style> 
     24        </a:documentation> 
    1225            <rng:choice> 
    1326                <rng:ref name="IF_curr_alpha"/> 
    …… 
    2437     
    2538    <rng:define name="IF_curr_alpha"> 
    26         <a:documentation> 
    27             'v_rest'     : -65.0,   # Resting membrane potential in mV.<br/> 
    28             'cm'         :   1.0,   # Capacity of the membrane in nF <br/> 
    29             'tau_m'      :  20.0,   # Membrane time constant in ms. <br/> 
    30             'tau_refrac' :   0.0,   # Duration of refractory period in ms. <br/> 
    31             'tau_syn'    :   5.0,   # Rise time of the synaptic alpha function in ms.<br/> 
    32             'i_offset'   :   0.0,   # Offset current in nA <br/> 
    33             'v_reset'    : -65.0,   # Reset potential after a spike in mV. <br/> 
    34             'v_thresh'   : -50.0,   # Spike threshold in mV. <br/> 
    35             'v_init'     : -65.0,   # Membrane potential in mV at t = 0 <br/> 
    36         </a:documentation> 
    3739        <rng:element name="IF_curr_alpha"> 
     40            <a:documentation> 
     41                default_parameters = {<table><tr><td> 
     42                        'v_rest'</td><td> -65.0</td><td>Resting membrane potential in mV.</td></tr><tr><td> 
     43                    'cm'         </td><td>   1.0,  </td><td>Capacity of the membrane in nF </td></tr><tr><td> 
     44                    'tau_m'      </td><td>  20.0,  </td><td>Membrane time constant in ms. </td></tr><tr><td> 
     45                    'tau_refrac' </td><td>   0.0,  </td><td>Duration of refractory period in ms. </td></tr><tr><td> 
     46                    'tau_syn'    </td><td>   5.0,  </td><td>Rise time of the synaptic alpha function in ms.</td></tr><tr><td> 
     47                    'i_offset'   </td><td>   0.0,  </td><td>Offset current in nA </td></tr><tr><td> 
     48                    'v_reset'    </td><td> -65.0,  </td><td>Reset potential after a spike in mV. </td></tr><tr><td> 
     49                    'v_thresh'   </td><td> -50.0,  </td><td>Spike threshold in mV. </td></tr><tr><td> 
     50                    'v_init'     </td><td> -65.0,  </td><td>Membrane potential in mV at t = 0 </td></tr> 
     51                </table> 
     52                }<br/> 
     53            </a:documentation> 
    3854            <rng:optional> 
    3955                <rng:attribute name="v_rest"> 
    40                     <rng:data type="float"/> 
     56                    <rng:ref name="float_time_unit"/> 
    4157                </rng:attribute> 
    4258            </rng:optional> 
    4359            <rng:optional> 
    4460                <rng:attribute name="cm"> 
    45                     <rng:data type="float"/> 
     61                    <rng:ref name="float_capacitance_unit"/> 
    4662                </rng:attribute> 
    4763            </rng:optional> 
    4864            <rng:optional> 
    4965                <rng:attribute name="tau_m"> 
    50                     <rng:data type="float"/> 
     66                    <rng:ref name="float_time_unit"/> 
    5167                </rng:attribute> 
    5268            </rng:optional> 
    5369            <rng:optional> 
    5470                <rng:attribute name="tau_refrac"> 
    55                     <rng:data type="float"/> 
     71                    <rng:ref name="float_time_unit"/> 
    5672                </rng:attribute> 
    5773            </rng:optional> 
    5874            <rng:optional> 
    5975                <rng:attribute name="tau_syn"> 
    60                     <rng:data type="float"/> 
     76                    <rng:ref name="float_time_unit"/> 
    6177                </rng:attribute> 
    6278            </rng:optional> 
    6379            <rng:optional> 
    6480                <rng:attribute name="i_offset"> 
    65                     <rng:data type="float"/> 
     81                    <rng:ref name="float_current_unit"/> 
    6682                </rng:attribute> 
    6783            </rng:optional> 
    6884            <rng:optional> 
    6985                <rng:attribute name="v_reset"> 
    70                     <rng:data type="float"/> 
     86                    <rng:ref name="float_voltage_unit"/> 
    7187                </rng:attribute> 
    7288            </rng:optional> 
    7389            <rng:optional> 
    7490                <rng:attribute name="v_thresh"> 
    75                     <rng:data type="float"/> 
     91                    <rng:ref name="float_voltage_unit"/> 
    7692                </rng:attribute> 
    7793            </rng:optional> 
    7894            <rng:optional> 
    7995                <rng:attribute name="v_init"> 
    80                     <rng:data type="float"/> 
     96                    <rng:ref name="float_voltage_unit"/> 
    8197                </rng:attribute> 
    8298            </rng:optional> 
    …… 
    86102    <rng:define name="IF_curr_exp"> 
    87103        <rng:element name="IF_curr_exp"> 
     104            <a:documentation> 
     105                default_parameters = {<table><tr><td> 
     106                    'v_rest'    </td><td>-65.0,  </td><td>Resting membrane potential in mV.</td></tr><tr><td>  
     107                    'cm'        </td><td>1.0,    </td><td>Capacity of the membrane in nF</td></tr><tr><td> 
     108                    'tau_m'     </td><td>20.0,   </td><td>Membrane time constant in ms.</td></tr><tr><td> 
     109                    'tau_refrac'</td><td>0.0,    </td><td>Duration of refractory period in ms. </td></tr><tr><td> 
     110                    'tau_syn_E' </td><td>5.0,    </td><td>Decay time of excitatory synaptic current in ms.</td></tr><tr><td> 
     111                    'tau_syn_I' </td><td>5.0,    </td><td>Decay time of inhibitory synaptic current in ms.</td></tr><tr><td> 
     112                    'i_offset'  </td><td>0.0,    </td><td>Offset current in nA</td></tr><tr><td> 
     113                    'v_reset'   </td><td>-65.0,  </td><td>Reset potential after a spike in mV.</td></tr><tr><td> 
     114                    'v_thresh'  </td><td>-50.0,  </td><td>Spike threshold in mV.</td></tr><tr><td> 
     115                    'v_init'    </td><td>-65.0,  </td><td>Membrane potential in mV at t = 0</td></tr></table> 
     116                }<br/> 
     117            </a:documentation> 
    88118            <rng:optional> 
    89119                <rng:attribute name="v_rest"> 
    90                     <rng:data type="float"/> 
     120                    <rng:ref name="float_voltage_unit"/> 
    91121                </rng:attribute> 
    92122            </rng:optional> 
    93123            <rng:optional> 
    94124                <rng:attribute name="cm"> 
    95                     <rng:data type="float"/> 
     125                    <rng:ref name="float_capacitance_unit"/> 
    96126                </rng:attribute> 
    97127            </rng:optional> 
    98128            <rng:optional> 
    99129                <rng:attribute name="tau_m"> 
    100                     <rng:data type="float"/> 
     130                    <rng:ref name="float_time_unit"/> 
    101131                </rng:attribute> 
    102132            </rng:optional> 
    103133            <rng:optional> 
    104134                <rng:attribute name="tau_refrac"> 
    105                     <rng:data type="float"/> 
     135                    <rng:ref name="float_time_unit"/> 
    106136                </rng:attribute> 
    107137            </rng:optional> 
    108138            <rng:optional> 
    109139                <rng:attribute name="tau_syn_E"> 
    110                     <rng:data type="float"/> 
     140                    <rng:ref name="float_time_unit"/> 
    111141                </rng:attribute> 
    112142            </rng:optional> 
    113143            <rng:optional> 
    114144                <rng:attribute name="tau_syn_I"> 
    115                     <rng:data type="float"/> 
     145                    <rng:ref name="float_time_unit"/> 
    116146                </rng:attribute> 
    117147            </rng:optional> 
    118148            <rng:optional> 
    119149                <rng:attribute name="i_offset"> 
    120                     <rng:data type="float"/> 
     150                    <rng:ref name="float_current_unit"/> 
    121151                </rng:attribute> 
    122152            </rng:optional> 
    123153            <rng:optional> 
    124154                <rng:attribute name="v_reset"> 
    125                     <rng:data type="float"/> 
     155                    <rng:ref name="float_voltage_unit"/> 
    126156                </rng:attribute> 
    127157            </rng:optional> 
    128158            <rng:optional> 
    129159                <rng:attribute name="v_thresh"> 
    130                     <rng:data type="float"/> 
     160                    <rng:ref name="float_voltage_unit"/> 
    131161                </rng:attribute> 
    132162            </rng:optional> 
    133163            <rng:optional> 
    134164                <rng:attribute name="v_init"> 
    135                     <rng:data type="float"/> 
     165                    <rng:ref name="float_voltage_unit"/> 
    136166                </rng:attribute> 
    137167            </rng:optional> 
    …… 
    141171    <rng:define name="IF_cond_alpha"> 
    142172        <rng:element name="IF_cond_alpha"> 
     173            <a:documentation> 
     174                default_parameters = {<table><tr><td> 
     175                    'v_rest'    </td><td>-65.0,  </td><td>Resting membrane potential in mV.</td></tr><tr><td>  
     176                    'cm'        </td><td>1.0,    </td><td>Capacity of the membrane in nF</td></tr><tr><td> 
     177                    'tau_m'     </td><td>20.0,   </td><td>Membrane time constant in ms.</td></tr><tr><td> 
     178                    'tau_refrac'</td><td>0.0,    </td><td>Duration of refractory period in ms.</td></tr><tr><td> 
     179                    'tau_syn_E' </td><td>0.3,    </td><td>Rise time of the excitatory synaptic alpha function in ms.</td></tr><tr><td> 
     180                    'tau_syn_I' </td><td>0.5,    </td><td>Rise time of the inhibitory synaptic alpha function in ms.</td></tr><tr><td> 
     181                    'e_rev_E'   </td><td>0.0,    </td><td>Reversal potential for excitatory input in mV</td></tr><tr><td> 
     182                    'e_rev_I'   </td><td>-70.0,  </td><td>Reversal potential for inhibitory input in mV</td></tr><tr><td> 
     183                    'v_thresh'  </td><td>-50.0,  </td><td>Spike threshold in mV.</td></tr><tr><td> 
     184                    'v_reset'   </td><td>-65.0,  </td><td>Reset potential after a spike in mV.</td></tr><tr><td> 
     185                    'i_offset'  </td><td>0.0,    </td><td>Offset current in nA</td></tr><tr><td> 
     186                    'v_init'    </td><td>-65.0,  </td><td>Membrane potential in mV at t = 0</td></tr></table> 
     187                }<br/> 
     188            </a:documentation> 
    143189            <rng:optional> 
    144190                <rng:attribute name="v_rest"> 
    145                     <rng:data type="float"/> 
     191                    <rng:ref name="float_voltage_unit"/> 
    146192                </rng:attribute> 
    147193            </rng:optional> 
    148194            <rng:optional> 
    149195                <rng:attribute name="cm"> 
    150                     <rng:data type="float"/> 
     196                    <rng:ref name="float_capacitance_unit"/> 
    151197                </rng:attribute> 
    152198            </rng:optional> 
    153199            <rng:optional> 
    154200                <rng:attribute name="tau_m"> 
    155                     <rng:data type="float"/> 
     201                    <rng:ref name="float_time_unit"/> 
    156202                </rng:attribute> 
    157203            </rng:optional> 
    158204            <rng:optional> 
    159205                <rng:attribute name="tau_refrac"> 
    160                     <rng:data type="float"/> 
     206                    <rng:ref name="float_time_unit"/> 
    161207                </rng:attribute> 
    162208            </rng:optional> 
    163209            <rng:optional> 
    164210                <rng:attribute name="tau_syn_E"> 
    165                     <rng:data type="float"/> 
     211                    <rng:ref name="float_time_unit"/> 
    166212                </rng:attribute> 
    167213            </rng:optional> 
    168214            <rng:optional> 
    169215                <rng:attribute name="tau_syn_I"> 
    170                     <rng:data type="float"/> 
     216                    <rng:ref name="float_time_unit"/> 
    171217                </rng:attribute> 
    172218            </rng:optional> 
    173219            <rng:optional> 
    174220                <rng:attribute name="e_rev_E"> 
    175                     <rng:data type="float"/> 
     221                    <rng:ref name="float_voltage_unit"/> 
    176222                </rng:attribute> 
    177223            </rng:optional> 
    178224            <rng:optional> 
    179225                <rng:attribute name="e_rev_I"> 
    180                     <rng:data type="float"/> 
     226                    <rng:ref name="float_voltage_unit"/> 
    181227                </rng:attribute> 
    182228            </rng:optional> 
    183229            <rng:optional> 
    184230                <rng:attribute name="v_thresh"> 
    185                     <rng:data type="float"/> 
     231                    <rng:ref name="float_voltage_unit"/> 
    186232                </rng:attribute> 
    187233            </rng:optional> 
    188234            <rng:optional> 
    189235                <rng:attribute name="v_reset"> 
    190                     <rng:data type="float"/> 
     236                    <rng:ref name="float_voltage_unit"/> 
    191237                </rng:attribute> 
    192238            </rng:optional> 
    193239            <rng:optional> 
    194240                <rng:attribute name="i_offset"> 
    195                     <rng:data type="float"/> 
     241                    <rng:ref name="float_current_unit"/> 
    196242                </rng:attribute> 
    197243            </rng:optional> 
    198244            <rng:optional> 
    199245                <rng:attribute name="v_init"> 
    200                     <rng:data type="float"/> 
     246                    <rng:ref name="float_voltage_unit"/> 
    201247                </rng:attribute> 
    202248            </rng:optional> 
    …… 
    206252    <rng:define name="IF_cond_exp"> 
    207253        <rng:element name="IF_cond_exp"> 
     254            <a:documentation> 
     255                default_parameters = {<table><tr><td> 
     256                    'v_rest'    </td><td>-65.0,  </td><td>Resting membrane potential in mV.</td></tr><tr><td>  
     257                    'cm'        </td><td>1.0,    </td><td>Capacity of the membrane in nF</td></tr><tr><td> 
     258                    'tau_m'     </td><td>20.0,   </td><td>Membrane time constant in ms.</td></tr><tr><td> 
     259                    'tau_refrac'</td><td>0.0,    </td><td>Duration of refractory period in ms.</td></tr><tr><td> 
     260                    'tau_syn_E' </td><td>5.0,    </td><td>Decay time of the excitatory synaptic conductance in ms.</td></tr><tr><td> 
     261                    'tau_syn_I' </td><td>5.0,    </td><td>Decay time of the inhibitory synaptic conductance in ms.</td></tr><tr><td> 
     262                    'e_rev_E'   </td><td>0.0,    </td><td>Reversal potential for excitatory input in mV</td></tr><tr><td> 
     263                    'e_rev_I'   </td><td>-70.0,  </td><td>Reversal potential for inhibitory input in mV</td></tr><tr><td> 
     264                    'v_thresh'  </td><td>-50.0,  </td><td>Spike threshold in mV.</td></tr><tr><td> 
     265                    'v_reset'   </td><td>-65.0,  </td><td>Reset potential after a spike in mV.</td></tr><tr><td> 
     266                    'i_offset'  </td><td>0.0,    </td><td>Offset current in nA</td></tr><tr><td> 
     267                    'v_init'    </td><td>-65.0,  </td><td>Membrane potential in mV at t = 0</td></tr></table> 
     268                }<br/> 
     269            </a:documentation> 
    208270            <rng:optional> 
    209271                <rng:attribute name="v_rest"> 
    210                     <rng:data type="float"/> 
     272                    <rng:ref name="float_voltage_unit"/> 
    211273                </rng:attribute> 
    212274            </rng:optional> 
    213275            <rng:optional> 
    214276                <rng:attribute name="cm"> 
    215                     <rng:data type="float"/> 
     277                    <rng:ref name="float_capacitance_unit"/> 
    216278                </rng:attribute> 
    217279            </rng:optional> 
    218280            <rng:optional> 
    219281                <rng:attribute name="tau_m"> 
    220                     <rng:data type="float"/> 
     282                    <rng:ref name="float_time_unit"/> 
    221283                </rng:attribute> 
    222284            </rng:optional> 
    223285            <rng:optional> 
    224286                <rng:attribute name="tau_refrac"> 
    225                     <rng:data type="float"/> 
     287                    <rng:ref name="float_time_unit"/> 
    226288                </rng:attribute> 
    227289            </rng:optional> 
    228290            <rng:optional> 
    229291                <rng:attribute name="tau_syn_E"> 
    230                     <rng:data type="float"/> 
     292                    <rng:ref name="float_time_unit"/> 
    231293                </rng:attribute> 
    232294            </rng:optional> 
    233295            <rng:optional> 
    234296                <rng:attribute name="tau_syn_I"> 
    235                     <rng:data type="float"/> 
     297                    <rng:ref name="float_time_unit"/> 
    236298                </rng:attribute> 
    237299            </rng:optional> 
    238300            <rng:optional> 
    239301                <rng:attribute name="e_rev_E"> 
    240                     <rng:data type="float"/> 
     302                    <rng:ref name="float_voltage_unit"/> 
    241303                </rng:attribute> 
    242304            </rng:optional> 
    243305            <rng:optional> 
    244306                <rng:attribute name="e_rev_I"> 
    245                     <rng:data type="float"/> 
     307                    <rng:ref name="float_voltage_unit"/> 
    246308                </rng:attribute> 
    247309            </rng:optional> 
    248310            <rng:optional> 
    249311                <rng:attribute name="v_thresh"> 
    250                     <rng:data type="float"/> 
     312                    <rng:ref name="float_voltage_unit"/> 
    251313                </rng:attribute> 
    252314            </rng:optional> 
    253315            <rng:optional> 
    254316                <rng:attribute name="v_reset"> 
    255                     <rng:data type="float"/> 
     317                    <rng:ref name="float_voltage_unit"/> 
    256318                </rng:attribute> 
    257319            </rng:optional> 
    258320            <rng:optional> 
    259321                <rng:attribute name="i_offset"> 
    260                     <rng:data type="float"/> 
     322                    <rng:ref name="float_current_unit"/> 
    261323                </rng:attribute> 
    262324            </rng:optional> 
    263325            <rng:optional> 
    264326                <rng:attribute name="v_init"> 
    265                     <rng:data type="float"/> 
     327                    <rng:ref name="float_voltage_unit"/> 
    266328                </rng:attribute> 
    267329            </rng:optional> 
    …… 
    271333    <rng:define name="IF_cond_exp_sfa_rr"> 
    272334        <rng:element name="IF_cond_exp_sfa_rr"> 
     335            <a:documentation> 
     336                default_parameters = {<table><tr><td> 
     337                    'v_rest'    </td><td>-65.0,  </td><td>Resting membrane potential in mV.</td></tr><tr><td>  
     338                    'cm'        </td><td>1.0,    </td><td>Capacity of the membrane in nF</td></tr><tr><td> 
     339                    'tau_m'     </td><td>20.0,   </td><td>Membrane time constant in ms.</td></tr><tr><td> 
     340                    'tau_refrac'</td><td>0.0,    </td><td>Duration of refractory period in ms.</td></tr><tr><td> 
     341                    'tau_syn_E' </td><td>5.0,    </td><td>Decay time of the excitatory synaptic conductance in ms.</td></tr><tr><td> 
     342                    'tau_syn_I' </td><td>5.0,    </td><td>Decay time of the inhibitory synaptic conductance in ms.</td></tr><tr><td> 
     343                    'e_rev_E'   </td><td>0.0,    </td><td>Reversal potential for excitatory input in mV</td></tr><tr><td> 
     344                    'e_rev_I'   </td><td>-70.0,  </td><td>Reversal potential for inhibitory input in mV</td></tr><tr><td> 
     345                    'v_thresh'  </td><td>-50.0,  </td><td>Spike threshold in mV.</td></tr><tr><td> 
     346                    'v_reset'   </td><td>-65.0,  </td><td>Reset potential after a spike in mV.</td></tr><tr><td> 
     347                    'i_offset'  </td><td>0.0,    </td><td>Offset current in nA</td></tr><tr><td> 
     348                    'v_init'    </td><td>-65.0,  </td><td>Membrane potential in mV at t = 0</td></tr><tr><td> 
     349                    'tau_sfa'   </td><td>100.0,  </td><td>Time constant of spike-frequency adaptation in ms</td></tr><tr><td> 
     350                    'e_rev_sfa' </td><td>-75.0,  </td><td>spike-frequency adaptation conductance reversal potential in mV</td></tr><tr><td> 
     351                    'q_sfa'     </td><td>15.0,   </td><td>Quantal spike-frequency adaptation conductance increase in nS</td></tr><tr><td> 
     352                    'tau_rr'    </td><td>2.0,    </td><td>Time constant of the relative refractory mechanism in ms</td></tr><tr><td> 
     353                    'e_rev_rr'  </td><td>-75.0,  </td><td>relative refractory mechanism conductance reversal potential in mV</td></tr><tr><td> 
     354                    'q_rr'      </td><td>3000.0  </td><td>Quantal relative refractory conductance increase in nS</td></tr></table> 
     355                }<br/> 
     356            </a:documentation> 
    273357            <rng:optional> 
    274358                <rng:attribute name="v_rest"> 
    275                     <rng:data type="float"/> 
     359                    <rng:ref name="float_voltage_unit"/> 
    276360                </rng:attribute> 
    277361            </rng:optional> 
    278362            <rng:optional> 
    279363                <rng:attribute name="cm"> 
    280                     <rng:data type="float"/> 
     364                    <rng:ref name="float_capacitance_unit"/> 
    281365                </rng:attribute> 
    282366            </rng:optional> 
    283367            <rng:optional> 
    284368                <rng:attribute name="tau_m"> 
    285                     <rng:data type="float"/> 
     369                    <rng:ref name="float_time_unit"/> 
    286370                </rng:attribute> 
    287371            </rng:optional> 
    288372            <rng:optional> 
    289373                <rng:attribute name="tau_refrac"> 
    290                     <rng:data type="float"/> 
     374                    <rng:ref name="float_time_unit"/> 
    291375                </rng:attribute> 
    292376            </rng:optional> 
    293377            <rng:optional> 
    294378                <rng:attribute name="tau_syn_E"> 
    295                     <rng:data type="float"/> 
     379                    <rng:ref name="float_time_unit"/> 
    296380                </rng:attribute> 
    297381            </rng:optional> 
    298382            <rng:optional> 
    299383                <rng:attribute name="tau_syn_I"> 
    300                     <rng:data type="float"/> 
     384                    <rng:ref name="float_time_unit"/> 
    301385                </rng:attribute> 
    302386            </rng:optional> 
    303387            <rng:optional> 
    304388                <rng:attribute name="e_rev_E"> 
    305                     <rng:data type="float"/> 
     389                    <rng:ref name="float_voltage_unit"/> 
    306390                </rng:attribute> 
    307391            </rng:optional> 
    308392            <rng:optional> 
    309393                <rng:attribute name="e_rev_I"> 
    310                     <rng:data type="float"/> 
     394                    <rng:ref name="float_voltage_unit"/> 
    311395                </rng:attribute> 
    312396            </rng:optional> 
    313397            <rng:optional> 
    314398                <rng:attribute name="v_thresh"> 
    315                     <rng:data type="float"/> 
     399                    <rng:ref name="float_voltage_unit"/> 
    316400                </rng:attribute> 
    317401            </rng:optional> 
    318402            <rng:optional> 
    319403                <rng:attribute name="v_reset"> 
    320                     <rng:data type="float"/> 
     404                    <rng:ref name="float_voltage_unit"/> 
    321405                </rng:attribute> 
    322406            </rng:optional> 
    323407            <rng:optional> 
    324408                <rng:attribute name="i_offset"> 
    325                     <rng:data type="float"/> 
     409                    <rng:ref name="float_current_unit"/> 
    326410                </rng:attribute> 
    327411            </rng:optional> 
    328412            <rng:optional> 
    329413                <rng:attribute name="v_init"> 
    330                     <rng:data type="float"/> 
     414                    <rng:ref name="float_voltage_unit"/> 
    331415                </rng:attribute> 
    332416            </rng:optional> 
    333417            <rng:optional> 
    334418                <rng:attribute name="tau_sfa"> 
    335                     <rng:data type="float"/> 
     419                    <rng:ref name="float_time_unit"/> 
    336420                </rng:attribute> 
    337421            </rng:optional> 
    338422            <rng:optional> 
    339423                <rng:attribute name="e_rev_sfa"> 
    340                     <rng:data type="float"/> 
     424                    <rng:ref name="float_voltage_unit"/> 
    341425                </rng:attribute> 
    342426            </rng:optional> 
    343427            <rng:optional> 
    344428                <rng:attribute name="q_sfa"> 
    345                     <rng:data type="float"/> 
     429                    <rng:ref name="float_conductance_unit"/> 
    346430                </rng:attribute> 
    347431            </rng:optional> 
    348432            <rng:optional> 
    349433                <rng:attribute name="tau_rr"> 
    350                     <rng:data type="float"/> 
     434                    <rng:ref name="float_time_unit"/> 
    351435                </rng:attribute> 
    352436            </rng:optional> 
    353437            <rng:optional> 
    354438                <rng:attribute name="e_rev_rr"> 
    355                     <rng:data type="float"/> 
     439                    <rng:ref name="float_voltage_unit"/> 
    356440                </rng:attribute> 
    357441            </rng:optional> 
    358442            <rng:optional> 
    359443                <rng:attribute name="q_rr"> 
    360                     <rng:data type="float"/> 
     444                    <rng:ref name="float_conductance_unit"/> 
    361445                </rng:attribute> 
    362446            </rng:optional> 
    …… 
    366450    <rng:define name="AdaptiveExponentialIF_alpha"> 
    367451        <rng:element name="AdaptiveExponentialIF_alpha"> 
     452            <a:documentation> 
     453                default_parameters = {<table><tr><td> 
     454                    'v_init'   </td><td>-70.6, #'V_m'       </td><td>Initial membrane potential in mV</td></tr><tr><td> 
     455                    'w_init'   </td><td>0.0,   #'w'         </td><td>Spike-adaptation current in nA</td></tr><tr><td> 
     456                    'cm'       </td><td>0.281, #'C_m'       </td><td>Capacity of the membrane in nF</td></tr><tr><td> 
     457                        'tau_refrac'  </td><td> 0.0,   #'t_ref'     </td><td>Duration of refractory period in ms.</td></tr><tr><td> 
     458                    'v_spike'  </td><td>0.0,   #'V_peak'    </td><td>Spike detection threshold in mV.</td></tr><tr><td> 
     459                    'v_reset'  </td><td>-70.6, #'V_reset'   </td><td>Reset value for V_m after a spike. In mV.</td></tr><tr><td> 
     460                    'v_rest'   </td><td>-70.6, #'E_L'       </td><td>Resting membrane potential (Leak reversal potential) in mV.</td></tr><tr><td> 
     461                    'tau_m'    </td><td>9.3667,#'g_L'       </td><td>Membrane time constant in ms (nest:Leak conductance in nS.)</td></tr><tr><td> 
     462                    'i_offset' </td><td>0.0,   #'I_e'       </td><td>Offset current in nA</td></tr><tr><td> 
     463                    'a'        </td><td>4.0,                </td><td>Subthreshold adaptation conductance in nS.</td></tr><tr><td> 
     464                    'b'        </td><td>0.0805,             </td><td>Spike-triggered adaptation in nA</td></tr><tr><td> 
     465                    'delta_T'  </td><td>2.0,  #Delta_T    </td><td>Slope factor in mV</td></tr><tr><td> 
     466                    'tau_w'    </td><td>144.0, #'tau_w'     </td><td>Adaptation time constant in ms</td></tr><tr><td> 
     467                    'v_thresh' </td><td>-50.4, #'V_t'       </td><td>Spike initiation threshold in mV (V_th can also be used for compatibility).</td></tr><tr><td> 
     468                    'e_rev_E'  </td><td>0.0,   #'E_ex'      </td><td>Excitatory reversal potential in mV.</td></tr><tr><td> 
     469                    'tau_syn_E'</td><td>5.0,   #'tau_ex'    </td><td>Rise time of excitatory synaptic conductance in ms (alpha function).</td></tr><tr><td> 
     470                    'e_rev_I'  </td><td>-80.0, #'E_in'      </td><td>Inhibitory reversal potential in mV.</td></tr><tr><td> 
     471                    'tau_syn_I'</td><td>5.0,   #'tau_in'    </td><td>Rise time of the inhibitory synaptic conductance in ms (alpha function).</td></tr></table> 
     472                }<br/> 
     473            </a:documentation> 
    368474            <rng:optional> 
    369475                <rng:attribute name="v_init"> 
    370                     <rng:data type="float"/> 
     476                    <rng:ref name="float_voltage_unit"/> 
    371477                </rng:attribute> 
    372478            </rng:optional> 
    373479            <rng:optional> 
    374480                <rng:attribute name="w_init"> 
    375                     <rng:data type="float"/> 
     481                    <rng:ref name="float_current_unit"/> 
    376482                </rng:attribute> 
    377483            </rng:optional> 
    378484            <rng:optional> 
    379485                <rng:attribute name="cm"> 
    380                     <rng:data type="float"/> 
     486                    <rng:ref name="float_capacitance_unit"/> 
    381487                </rng:attribute> 
    382488            </rng:optional> 
    383489            <rng:optional> 
    384490                <rng:attribute name="tau_refrac"> 
    385                     <rng:data type="float"/> 
     491                    <rng:ref name="float_time_unit"/> 
    386492                </rng:attribute> 
    387493            </rng:optional> 
    388494            <rng:optional> 
    389495                <rng:attribute name="v_spike"> 
    390                     <rng:data type="float"/> 
     496                    <rng:ref name="float_voltage_unit"/> 
    391497                </rng:attribute> 
    392498            </rng:optional> 
    393499            <rng:optional> 
    394500                <rng:attribute name="v_rest"> 
    395                     <rng:data type="float"/> 
     501                    <rng:ref name="float_voltage_unit"/> 
    396502                </rng:attribute> 
    397503            </rng:optional> 
    398504            <rng:optional> 
    399505                <rng:attribute name="v_reset"> 
    400                     <rng:data type="float"/> 
     506                    <rng:ref name="float_voltage_unit"/> 
    401507                </rng:attribute> 
    402508            </rng:optional> 
    403509            <rng:optional> 
    404510                <rng:attribute name="tau_m"> 
    405                     <rng:data type="float"/> 
     511                    <rng:ref name="float_time_unit"/> 
    406512                </rng:attribute> 
    407513            </rng:optional> 
    408514            <rng:optional> 
    409515                <rng:attribute name="i_offset"> 
    410                     <rng:data type="float"/> 
     516                    <rng:ref name="float_current_unit"/> 
    411517                </rng:attribute> 
    412518            </rng:optional> 
    413519            <rng:optional> 
    414520                <rng:attribute name="a"> 
    415                     <rng:data type="float"/> 
     521                    <rng:ref name="float_conductance_unit"/> 
    416522                </rng:attribute> 
    417523            </rng:optional> 
    418524            <rng:optional> 
    419525                <rng:attribute name="b"> 
    420                     <rng:data type="float"/> 
     526                    <rng:ref name="float_current_unit"/> 
    421527                </rng:attribute> 
    422528            </rng:optional> 
    423529            <rng:optional> 
    424530                <rng:attribute name="delta_T"> 
    425                     <rng:data type="float"/> 
     531                    <rng:ref name="float_voltage_unit"/> 
    426532                </rng:attribute> 
    427533            </rng:optional> 
    428534            <rng:optional> 
    429535                <rng:attribute name="tau_w"> 
    430                     <rng:data type="float"/> 
     536                    <rng:ref name="float_time_unit"/> 
    431537                </rng:attribute> 
    432538            </rng:optional> 
    433539            <rng:optional> 
    434540                <rng:attribute name="v_thresh"> 
    435                     <rng:data type="float"/> 
     541                    <rng:ref name="float_voltage_unit"/> 
    436542                </rng:attribute> 
    437543            </rng:optional> 
    438544            <rng:optional> 
    439545                <rng:attribute name="e_rev_E"> 
    440                     <rng:data type="float"/> 
     546                    <rng:ref name="float_voltage_unit"/> 
    441547                </rng:attribute> 
    442548            </rng:optional> 
    443549            <rng:optional> 
    444550                <rng:attribute name="tau_syn_E"> 
    445                     <rng:data type="float"/> 
     551                    <rng:ref name="float_time_unit"/> 
    446552                </rng:attribute> 
    447553            </rng:optional> 
    448554            <rng:optional> 
    449555                <rng:attribute name="e_rev_I"> 
    450                     <rng:data type="float"/> 
     556                    <rng:ref name="float_voltage_unit"/> 
    451557                </rng:attribute> 
    452558            </rng:optional> 
    453559            <rng:optional> 
    454560                <rng:attribute name="tau_syn_I"> 
    455                     <rng:data type="float"/> 
     561                    <rng:ref name="float_time_unit"/> 
    456562                </rng:attribute> 
    457563            </rng:optional> 
    …… 
    459565    </rng:define> 
    460566 
    461  
    462      
    463567    <rng:define name="SpikeSourcePoisson"> 
    464568        <rng:element name="SpikeSourcePoisson"> 
     569            <a:documentation> 
     570                default_parameters = {<table><tr><td> 
     571                    'rate'    </td><td>0.0,      </td><td>Mean spike frequency (Hz)</td></tr><tr><td> 
     572                    'start'   </td><td>0.0,      </td><td>Start time (ms)</td></tr><tr><td> 
     573                    'duration'</td><td>1e6       </td><td>Duration of spike sequence (ms)</td></tr></table> 
     574                }<br/> 
     575            </a:documentation> 
    465576            <rng:optional> 
    466577                <rng:attribute name="rate"> 
    467                     <rng:data type="float"/> 
     578                    <rng:ref name="float_frequency_unit"/> 
    468579                </rng:attribute> 
    469580            </rng:optional> 
    470581            <rng:optional> 
    471582                <rng:attribute name="start"> 
    472                     <rng:data type="float"/> 
     583                    <rng:ref name="float_time_unit"/> 
    473584                </rng:attribute> 
    474585            </rng:optional> 
    475586            <rng:optional> 
    476587                <rng:attribute name="duration"> 
    477                     <rng:data type="string"/> 
    478                 </rng:attribute> 
    479             </rng:optional> 
     588                    <rng:ref name="float_time_unit"/> 
     589                </rng:attribute> 
     590            </rng:optional> 
     591        </rng:element> 
     592    </rng:define> 
     593     
     594    <rng:define name="SpikeSourceInhGamma"> 
     595        <rng:element name="SpikeSourceInhGamma"> 
     596            <a:documentation> 
     597                default_parameters = {<table><tr><td> 
     598                'a'    </td><td>numpy.array([1.0]),</td><td>time histogram of parameter a of a gamma distribution (dimensionaless)</td></tr><tr><td> 
     599                    'b'    </td><td>numpy.array([1.0]),</td><td>time histogram of parameter b of a gamma distribution (seconds)</td></tr><tr><td> 
     600                    'tbins'</td><td>numpy.array([0]), </td><td>time bins of the time histogram of a,b in units of ms</td></tr><tr><td> 
     601                    'rmax'</td><td>1.0,          </td><td>Rate (Hz) of the Poisson process to be thinned, usually set to max(1/b)</td></tr><tr><td> 
     602                    'start'   </td><td>0.0,      </td><td>Start time (ms)</td></tr><tr><td> 
     603                    'duration'</td><td>1e6       </td><td>Duration of spike sequence (ms)</td></tr></table> 
     604                }<br/> 
     605            </a:documentation> 
     606            <rng:attribute name="a"&